Cốt truyện của game lấy bối cảnh ở một phiên bản viễn tưởng của thời Chiến Quốc Nhật Bản vào cuối thế kỉ 16. Người chơi sẽ theo chân một chiến binh shinobi bị mất một tay trong một cuộc phục kích trên đường lần theo kẻ đứng đầu bang hội Samurai Ashina, người đã chặt đứt tay của Sekiro và bắt cóc vị lãnh chúa mà anh phục sự với mục đích giải cứu lãnh chúa của mình cũng như trả thù cho cánh tay của mình